Aðgerðastjórn starfar í umboði almannavarnanefndarinnar.

Hlutverk aðgerðastjórnar utan aðgerða er: 

• að vinna viðbragðs- og aðgerðaáætlanir sem hún leggur fyrir framkvæmdaráð 
• að halda æfingar, m.a. fyrir viðbragðsaðila 
• að skipuleggja störf aðgerðastjórnar í stjórnstöð 
• að skipuleggja störf stoðdeildar í stjórnstöð 
• að samræma aðgerðir vegna stærri uppákomu á svæðinu

Hlutverk aðgerðastjórnar í aðgerðum er:

• að samræma aðgerðir og sjá um forgangsröðun þeirra og eftirfylgni 
• að stjórna flutningi hjálparliðs og búnaðar um svæðið eftir því sem hjálparbeiðnir berast 
• að skipa vettvangsstjóra ef fleiri eru en einn og sjá um öll samskipti við þá 
• að sjá um samskipti við Almannavarnadeild ríkislögreglustjóra vegna aðgerða á svæðinu 
• að sjá um alla skýrslugerð vegna heildaraðgerða 
• að afla upplýsinga frá öðrum aðilum, t.d. veðurstofu og vísindastofnunum 
• að koma tilkynningum til fjölmiðla og aðstandenda ef á þarf að halda í samráði við almannavarnanefndina

Í aðgerðastjórn eru skipaðir fulltrúar frá öllum viðbragðsaðilum:
  Slökkviliði höfuðborgarsvæðisins
  Lögreglunni á höfuðborgarsvæðinu
  Framkvæmda- og eignasviði Reykjavíkurborgar, f.h. sveitarfélaganna
  Landspítala, f.h. heilbrigðisþjónustunnar
  Svæðisstjórn björgunarsveita á svæði 1
  Rauða krossi Íslands á höfuðborgarsvæðinu

Auk þess getur aðgerðastjórn kallað til sín fleiri aðila eftir umfangi og eðli atburðar hverju sinni.