Stjórn er skipuð framkvæmdastjórum aðildarsveitarfélaganna sjö og jafnmörgum til vara.  Fulltrúi fjölmennasta sveitarfélagsins er formaður stjórnar.  Samkvæmt stofnsamningi er tilgangur byggðasamlagsins að vinna að forvörnum og veita fyrstu viðbrögð til að vernda líf, heilsu fólks, umhverfi og eignir og sinna öðrum lögbundnum verkefnum.  Samkvæmt sveitarstjórnarlögum og stofnsamningi getur stjórn byggðasamlagsins falið slökkviliðinu önnur verkefni, sem varða velferð íbúa aðildarsveitarfélaganna.  Samþykki ¾ hluta atkvæðavægis í stjórn þarf til að ákvarðanir um valkvæð verkefni öðlist gildi.

Helstu verkefni stjórnar eru

• að hafa eftirlit með rekstri byggðasamlagsins og sjá um að lögum, reglugerðum, samþykktum og markaðri stefnu sé fylgt,
• að samþykkja þriggja ára áætlun um rekstur, fjárfestingu og fjármál sem síðan er lögð fyrir aðildarsveitarfélögin,
• að samþykkja fjárhagsáætlun og starfsáætlun þar sem markmiðum í rekstri og þjónustustigi er lýst.
  

Dagleg yfirstjórn

Slökkviliðsstjóri annast daglegan rekstur á grundvelli laga, reglugerða, samninga, stefnu, fjárhags- og starfsáætlunar, ramma þriggja ára áætlunar og nánari ákvæða í stofnsamningi.  Slökkviliðsstjóri skipar staðgengla sína.  Slökkviliðinu er skipt upp í tvö meginsvið:

• Forvarnasvið.
• Útkallssvið. 

Sviðsstjórar forvarna- og útkallssviðs heyra undir slökkviliðsstjóra og skipa með honum yfirstjórn liðsins.  Sviðsstjóri útkallssviðs er jafnframt varaslökkviliðsstjóri.  Auk sviðsstjóra heyrir skrifstofa slökkviliðsstjóra einnig undir slökkviliðsstjóra.
Markmiðið með þessari skipan er að yfirbygging sé takmörkuð, boðleiðir einfaldar og skýrar og upplýsingaflæði gott.
SHS á eitt dótturfyrirtæki, SHS fasteignir ehf., sem sér m.a. um fasteignir liðsins.